基因組調研圖研究是對于沒有基因組參考序列的物種,基于小片段文庫的低深度測序數據,可以有效地評估基因組大小、GC含量、雜合度高低以及重復序列含量等信息,是全面了解某一物種基因組特征的有效方法;此外,通過基因組調研分析也可對基因組進行初步組裝。
項目周期:
動植物基因組Survey開發時間為6周;3個樣品或以上,以及基因組大于1G為2個月。
開發時間以樣品到位并檢測合格為前提;收到樣品后,需要對樣品進行檢測,最終樣品的量和純度,以公司的檢測結果為準。
測序平臺及策略:
整體測序深度不低于30倍覆蓋度;
預測基因組大小,評估基因組GC含量,評估基因組雜合率;
確定精細圖梯度文庫構建具體策略
技術路線:
![全基因組survey 全基因組survey]()
分析內容:
1.標準信息分析
數據基本處理,去低質量和接頭序列;
K-mer 分析以及基因組大小估計;
雜合率估計;
精細圖建庫方案評估;
2.高級信息分析(只針對純調研圖項目)
初步組裝;
GC-Depth 分布分析,判斷測序偏好性;
SSR標記鑒定;
樣品間SNP鑒定(多樣本情況下)。