Identifying the Genome-Wide Sequence Variations and Developing New Molecular Markers for Genetics Research by Re-Sequencing a Landrace Cultivar of Foxtail Millet.
Plos One,IF=3.534,2013.09
基于全基因組重測序進行谷子變異檢測
研究材料:一種重要的谷子地方品種Shi-Li-Xiang,以及另外一混合460個體的品種Yu-Gu1,F2被用來作圖譜分析
研究方法:雙末端測序后,與兩版谷子參考基因組分別進行比對
![變異檢測 變異檢測]()
![變異檢測 變異檢測]()
![變異檢測 變異檢測]()
![變異檢測 變異檢測]()
在兩個谷子品種中的第九條染色體上的SNP和SV分布情況
研究結果:發現40%的SNP存在于NB-ARC結構域、蛋白激酶或富含亮氨酸重復序列中。
非同義突變與同義突變的SNP比例很高,與水稻、高粱等物種一致,說明植物抗病蛋白的分化也許是由病原菌的進化壓力導致的。
在SLX和Yugu1兩個品種中,具有多態性標記的465個SNPs和146Vs準確性在90%以上,可以作為DNA標記進行全基因組分型和分子標記輔助育種。